La Universidad de Los Lagos no cuenta con asignación presupuestaria en la Ley de Presupuestos del Sector Público y prepara sus Estados Financieros cumpliendo la forma y plazos contenidos en la Normativa Especial que rige a las Universidades del Estado.
Dicha normativa está compuesta por el “Decreto 180/1987 del Ministerio de Hacienda” y, además, los “Oficios Circulares de la Contraloría General de la República” en que año a año imparte instrucciones a las entidades de Educación Superior del Estado sobre el ejercicio contable del año siguiente.